Apesar de Mato Grosso ser o estado com a segunda diversidade étnica do país, os povos indígenas sentiam dificuldades em se unirem e discutirem suas demandas regionais em comum, prevalecendo no Estado ações pontuais referentes a cada povo que lutava sozinho na defesa de seus direitos.
Em 2005, após o Seminário sobre a questão fundiária envolvia a demarcação de várias Terras Indígenas e sua situação sócio-ambiental, deu-se inicio aos trabalhos de se criar uma organização a nível estadual que congregasse os mais de 40 (quarenta) povos indígenas que vivem em Mato Grosso. Assim, nasce o Instituto Indígena Maiwu, uma organização legalmente registrada e reconhecida, cuja diretoria e seus suplentes é composta por um representante indígena de cada etnia, das diversas regiões do Estado, contemplando os diversos ecossistemas: Pantanal, Cerrado, Amazônia e Araguaia.
Diante de tamanha diversidade os membros fundadores viram a necessidade de se estabelecer coordenações que contemplem as questões políticas, ambientais, culturais, de gênero, de jovens, científicas, educacionais, democratizando a participação de todos e todas na construção das propostas e ações a serem implementadas pelo Maiwu.
